Восстановление земельного участка при расторжении договора аренды

Добрый день, уважаемые форумчане.

Помогите , пожалуйста, разобраться.   Наша ор-ия арендовала земельный участок у города много лет.  Пришло требование о расторжении договора аренды на данный участок с условием, что приводим его в первозданный вид.   Работы по приведению этого участка в то состояние, которое устраивало бы бывшего арендодателя  заняли около года ( сносили временное здание магазина, передвигали забор, в свое время были положены плиты ж/б  в несколько слоев,  т.к. местность болотистая). Все работы делали своими силами. Естественно главному бухгалтеру сообщили о том, что освобождаем территорию сразу не сообщили.   Когда узнала об этом, потребовала чтобы была составлена смета.  Теперь у меня возник вопрос, а не должна ли быть выставлена счет-фактура на эти работы или я ошибаюсь?   И должна ли бухгалтерия эти затраты учитывать отдельно, только как их разделить я не представляю.  У меня получается, что все затраты сели на сч. 20.   Помогите, пожалуйста, разобраться?   

спасибо.